Локус А: Алелль at (Подпалый окрас)
Подпалый окрас (black and tan) связан не с одной, а сразу с тремя комбинациями регуляторных участков гена ASIP: VP2 + HCP3, VP2 + HCP4 или VP2 + HCP5. Эти комбинации традиционно связываются с аллелем at.
Механизм действия на верхней стороне тела
У подпалых собак ген ASIP на верхней поверхности тела практически не активен. Это объясняется тем, что варианты HCP3, HCP4 и HCP5 являются поврежденными регуляторными участками, которые не могут обеспечить нормальную активацию гена в коже на спине. В результате на спине меланоциты производят исключительно эумеланин (темный пигмент).
Механизм действия на нижней стороне тела
На нижней поверхности активность гена ASIP ослаблена за счет наличия VP2. Поскольку VP2 является более слабым активатором, чем VP1 (связанный с asa), феомеланиновый (рыжий) окрас распространяется гораздо слабее. Поэтому у подпалых собак на голове сохраняется зона, преимущественно окрашенная темным эумеланином (так называемая «шапочка»).
Промежуточный вариант окраса
Промежуточный вариант окраса "с шапочкой" (промежуточный между подпалым и чепрачным) наблюдается у гетерозигот asa/at (VP1+HCP4/VP2+HCP3-5). В этом случае присутствие одной копии VP1, который сильнее активирует ASIP, позволяет отодвинуть эумеланиновый окрас на голове за глаза. (См. рисунок ниже).
Преимущества нового теста
Важно упомянуть, что тестирование на эти комбинации регуляторных участков позволяет правильно соотносить генотип с фенотипом даже в тех породах, в которых традиционное тестирование на дупликацию в гене RALY (ранее связывавшимся с чепрачным и подпалым окрасами) было неинформативным и не использовалось.
Таким образом, обсуждаемая работа предлагает элегантный универсальный механизм, объясняющий существенную часть экспериментальных наблюдений в генетике окрасов. Следует также отметить, что кроме описанных на нынешний момент вариантов регуляторных участков гена ASIP и их комбинаций могут существовать и другие, пока что неизвестные науке.

